Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,

• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.

Obszary Natura 2000 stanowią 40 proc. gruntów w zarządzie Lasów Państwowych, zajmują ponad 2,8 mln ha

Na terenie kraju obecnie są wyznaczone 144 obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 823 obszary ochrony siedlisk (SOO), w tym 364 obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Pokrywają one prawie 20 proc. powierzchni kraju.

Przeczytaj więcej o sieci Natura 2000.

Na terenie Nadleśnictwa Lipinki znajduje się pięć obszarów siedliskowych należących do sieci NATURA 2000 o łącznej powierzchni niemal 1800 ha. Należą do nich:

• Dolina Lubszy – obejmuje fragment leśnictwa Sieciejów w województwie lubuskim i zgodnie z Dyrektywą Siedliskową zaliczana się do specjalnego obszaru ochrony siedlisk. Powierzchnia należąca do Nadleśnictwa Lipinki zajmuje 171,60 ha . Siedliska przyrodnicze, jakie można tam spotkać to przede wszystkim łęgi olszowe oraz olszowo – jesionowe, ale występują tam również fragmenty łęgów źródliskowych, takie jak podgórskie łęgi jesionowe. Na obszarze Doliny Lubszy znajdują się także lasy bagienne reprezentowane przez brzezinę bagienną i ols torfowcowy. Cenne zbiorowiska roślinne można spotkać na torfowisku, znajdującego się w okolicach Lipska Żarskiego, gdzie występuje zespół turzycy prosowatej i łuszczykowatej. 

• Las Żarski – obszar położony jest w leśnictwie „Zielony Las" i obejmuje niemal całą jego cześć o powierzchni 1245,10 ha. „Zielony Las" należy również do obszarów chronionego krajobrazu, ze względu głównie na występujące tam ponad 200-letnie buczyny oraz rzadką roślinność. Obszar obejmuje siedliska kwaśnych buczyn niżowych, kwaśnych dąbrów oraz lasów łęgowych, które znajdują się na kulminacji moreny czołowej, powstałej podczas zlodowacenia środkowopolskiego stadiału Warty. Na terenie tamtejszych lasów licznie spotyka się głównie kumaka nizinnego, będącego reprezentantem gatunku płazów oraz wydrę z rodziny łasicowatych.

• Skroda – to kolejny obszar specjalny ochrony siedlisk, zajmujący powierzchnię 172,60 ha, usytuowany nieopodal Rościc – miejscowości w województwie lubuskim, do której można dojechać drogą lokalną z Olbrachtowa. Występuje tam 5 siedlisk przyrodniczych, takich jak między innymi łęgi olszowe i olszowo – jesionowe, które stanowią główny element chronionego obszaru. 

• Łęgi nad Nysą Łużycką – obszar obejmuje część doliny Nysy z bardzo dobrze zachowanymi lasami łęgowymi, stanowiącymi jednak niewielką część tego obszaru. Znajdują się tam następujące typy siedlisk przyrodniczych: starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami, ziołorośla górskie i nadrzeczne, grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny, łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe oraz łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe. Powierzchnia podlegająca pod Nadleśnictwo Lipinki zajmuje 107,24 ha, a na obszarze znajduje się rezerwat „Nad Młyńską Strugą". 

• Dolina Dolnego Bobru – to kolejny teren obejmujący specjalny obszar siedlisk, zajmujący powierzchnię 78,44  ha, składający się z dwóch enklaw doliny Dolnego Bobru. Dolina ma charakter naturalny z meandrami i starorzeczami. Brzegom rzeki towarzyszy zwykle pas nadrzecznych zarośli wierzbowych oraz pozostałości łęgów wierzbowych. Taras zalewowy stanowią zarastające łąki,a także pola uprawne i niewielkie lasy łęgowe i grądowe.