Lasy Państwowe podejmują również własne inicjatywy ochronne. Pomagają wybranym gatunkom zwierząt i roślin zasiedlić miejsca, gdzie gatunki te wyginęły (tzw. reintrodukcje) lub gdzie są zagrożone wyginięciem (restytucje). Dotyczy to np. cisa, sudeckich jodeł, cietrzewia czy głuszca.

Szanse na przetrwanie ginącym gatunkom mają dać strefy ochronne dla wybranych gatunków zwierząt (m.in. wokół gniazd ptaków). Leśnicy są za nie szczególnie odpowiedzialni, ponieważ większość z nich znajduje się na gruntach zarządzanych przez LP.

Niektóre gatunki chronione, aby mogły spokojnie się rozmnażać, wymagają wyznaczenia  miejsc rozrodu i regularnego przebywania. Nadleśnictwo Lipinki posiada takie ostoje dla zwierząt chronionych. Jedna jest wyznaczona dla Bielika o pow. 54,93 ha, a dwie pozostałe dla jednej pary Bociana Czarnego odpowiednio o pow. 57,68 ha i 44,2 ha.

Na terenie Nadleśnictwa Lipinki znajduje się 54 gatunki roślin chronionych. Ochronie ścisłej podlega aż 38 gatunków, a częściowej 16.  

5 gatunków zostało wpisanych do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin, do których zalicza się:

• nawodnik sześciopręcikowy,
• grzybienie północne,
• gałuszka kalecznica,
• przygiełka brunatna,
• cis pospolity 

Na terenie Nadleśnictwa ochronie poddanych jest 100 gatunków zwierząt, z czego 27 gatunków figuruje w „Polskiej Czerwonej Księdze Zwierząt". Wśród nich jest 6 gatunków bezkręgowców, 11 gatunków ryb, 1 gatunek płazów, 2 gatunki gadów, 5 gatunków ptaków oraz 2 gatunki ssaków. 

Ciekawostką dotyczącą występującej na tym terenie fauny bezkręgowców  jest piechotek leśny, stanowiący jedyny gatunek udokumentowany w Polsce.  Do lat 80. ubiegłego wieku można było spotkać go w parku w Łęknicy nad Nysą Łużycką, jednak po uporządkowaniu parku, nie udało się go ponownie tam odnaleźć.  

Na terenie Nadleśnictwa stwierdzono również występowanie gatunków związanych z martwym drewnem, takich jak ciołek matowy, który zasiedla dziuple starych drzew liściastych.    

Do interesujących, rzadkich zwierząt należy również smukwa kosmata, zasiedlająca suche i nasłonecznione stanowiska na glebach sypkich, takich jak obrzeża lasów sosnowych czy suche łąki.   

Tereny Nadleśnictwa zasiedlają również chronione gatunki gadów, z których najważniejsze to: gniewosz plamisty, żmija zygzakowata, traszka górska oraz ropucha paskówka i kumak nizinny.